微生物菌肥中的微生物功能多样性决定了其在土壤和农业中的不可替代作用。
1.在土壤中物质、能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性；
2.有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成；
3.微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机药、***和其他污染物等，降低土壤污染的程度。
微生物菌肥对土壤各种问题的解决具有显著***。微生物菌肥的使用大大减少了化肥的用量及减少污染，而且通过微生物之间或与植物之间的互相作用，植物的抗病与抗逆能力大大增强，这对于提高农作物品质及产量有着重要意义。
长时间暴露在空气中
有时菌剂买多了，袋子拆开了却用不完，就随便把袋子绑着，没有把袋子绑严实。但袋子没绑严就会有其他杂菌***袋内，微生物菌群就会发生改变，再施用的时候可能微生物肥中的菌都已经被杂菌污染或者失活了。
微生物肥料：含有特定微生物体的制品，应用于农业生产，通过其中所含微生物的生命活动，增加植物养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。
微生物肥料包含微生物接种剂（农用微生物菌剂）、复合微生物肥料、生物有机肥。
微生物菌肥、微生物农要等目前在农资市场上较火，没用过的农户不知道使用效果轻易不敢尝试，用过的农户有些道效果好，有些却说还不如化肥化药。
其实出现这些问题，还是菌剂没有用对。虽然昨日已立夏，但是近几天多地还是阴雨天气，温度较低，而天气、温度、棚室土壤、施用方法等都影响着菌剂的***。
土壤湿度：土壤含水量过大或不足都会影响生物菌剂的施用效果（一般在60%左右效果好）。因为生物菌肥和微生物农要内的生物菌大部分是好氧菌，它在土壤见干见湿时生命力才活跃。
所以，如果土壤较干，施用生物菌肥后一定要合理浇水，好选择晴天上午浇小水，且浇水后还要划锄增加土壤的通透性，利于生物菌发挥效果。这几天雨水还是比较多，如果棚室内有积水，一定要及时排除。
无机复合肥，复合肥一般主要含有两种以上的肥料。氮，磷，钾三大元素，像是磷酸二氢钾属于二元复合肥。这样的肥料一般采用化学合成的方法生产，具有肥效快成养分高，施入土壤后能迅速被农作物吸收，所以又叫效性肥料，我们一般称它为化肥。虽然这种肥料肥效高肥效快，但是所含有的养分不够丰富多样，长期大量单一使用，会使土壤酸，碱，盐化程度增加，不利于农作物增产增收，化学肥料由于水溶性好容易流失。就像我们平时遇到增施无机复合肥越多，增产的效果并不一定能随着化肥的投入量增大增多而增产显著。相反的还有可能使土壤的肥力降低，土壤变劣。因此无机复合肥如果配合有机肥，菌肥等使用，才有可能发挥大的肥效。