饲料发霉的原因：饲料在生产过程中由于原料自身水分过高、烘干或冷却系统的故障造成成品平均水分超标从而引发饲料早期霉变的现象一般比较少，因为成品的平均水分通过检测后如果超标会作处理，不会流入市场。但是在小批量生产过程中，由于制粒调质温度还没有调整到正常就已制粒完毕；颗粒离开环模时温度低，冷却器内的温度也低，饲料中水分子的活性弱，不容易散发。再加上冷却器中料层薄，空气流动的阻力小流量大，饲料在冷却时温度很快降到室温，但水分没有散发出来，造成水分超标。
发酵饲料的原料很多，按来源可分为：饼粕类，粮食加工厂的副产品类，微生物发酵加工厂的下脚料类，菌菇生产的基料，果蔬加工厂的下脚料类，植物的根、茎、叶类，畜禽屠宰场的下脚料类，水产品加工厂的下脚料类，薯渣类等。随着发酵饲料技术的日渐成熟及工艺设备的不断完善，更多的自然界产生的有机物及更多的加工副产物将成为发酵饲料的原料，利用率得到进一步的提高。
发酵饲料的生产整个流程是：菌的扩繁、菌与底物原料的混合、厌氧包装、成品出库。这其中牵扯到的必备的设备有菌扩繁罐、混合机、热封口机，这三种是缺一不可的。首先一个菌扩繁罐对一般的小型客户而言尤其是养殖户自己生产用的情况下，可有可无，因为也可以直接购买成品的菌生产，但是对于饲料厂必须得上这个设备，可以降低一部分的成本。菌扩繁罐，简单的说就是把原始菌进行扩繁，有由原来的十公斤扩繁成500公斤。
发酵饲料质量评定包括营养性、安全性和饲养价值这三个主要方面。要生产出质量佳且安全的饲料，需要对发酵这种多维过程进行适当的控制。在不适当或不受控制的发酵条件下，会损害饲料的卫生质量和营养价值。***菌检测包括肠科和霉菌，其标准应低于国标规定。乳酸、和乙醇等含量不宜过高，以避免对终产品的适口性和酸产生影响。
