如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，天然微生物有机肥的效果，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
发酵催熟堆腐法
堆肥制作。先将粪便风干至含水分30%～40%。将粪便与切碎稻草等膨松物按重量100：10的比例混合，每100千克混合肥中加入1千克催熟粉，充分拌和均匀，然后在堆肥舍中堆积成高1.5～2.0米的肥堆，进行发酵腐熟。在发酵期间，根据堆肥的温度变化，可以判定堆肥的发酵腐熟程度。当气温15度时，堆积后第三天，堆肥表面以下30厘米处的温度可达70摄氏度，唐山天然微生物有机肥，堆积10天后可进行第壹次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度可达80摄氏度，几乎无臭。第壹次翻混后10天，进行第二次翻混。翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为60摄氏度。再过10天后，第三次翻混时，堆肥表面以下30厘米处的温度为40摄氏度，翻混后的温度为30摄氏度，水分含量达30%左右。之后不再翻混，等待后熟。后熟一般需3～5天，多10天即可。后熟完成，堆肥即制成。这种高温堆腐，可以把粪便中的虫卵和杂草种子等杀，大肠杆jun也可大为减少，天然微生物有机肥专用，达到有机肥无害化处理的目的。
有机生物菌肥内含有大量的土壤微生物菌剂，这些微生物能够释放土壤中的不可溶性磷钾等肥料元素，施用后增效显着。但是，这类微生物多是好气性菌类，它们的一切生命活动，天然微生物有机肥生产线，都需要适宜的温度、水分和适量的氧气。因此，必须在高温焖室以后才能施用，以免焖室时因土温高，使之失去活力，而且要浅施，入土深度5～8厘米为好，不可深于10厘米，防止深层土壤氧气不足，影响微生物的活性，降低使用效果。
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