如果有大型畜牧场和家禽场，因粪便较多，可采用工厂化无害化处理。主要是先把粪便收集集中，然后进行脱水，使水分含量达到20%～30%。然后把脱过水的粪便输送到一个专门蒸汽消毒房内，蒸汽消毒房的温度不能太高，一般为80～100摄氏度。温度太高易使养分分解损失。肥料在消毒房内不断运转，经20～30分钟消毒，全部的虫卵、杂草种子及***的病菌等。消毒房内装有脱臭塔除臭，臭气通过塔内排出。然后将脱臭和消毒的粪便，配上必要的天然矿物，如磷矿粉、白云石和云母粉等，进行造粒，再烘干，即成有机肥料。其工艺流程如下：粪便集中～脱水～消毒～除臭～配方搅拌～造粒～烘干～过筛～包装～入库。总之，通过有机肥的无害化处理，底施微生物有机肥价格，可以达到降解有机污染物和生物污染的目的。
生物菌肥注意施用时间
1、有机肥效慢，应该提前施用，一般要在播种前或者在定植之前一次性的底施，使用之前好选择完全发酵腐熟的有机肥，后期在追施效果就不如作底肥明显。
2、化肥它效快，作基肥时提前一周左右施入，追肥时应在作物营养临界期或吸收营养高峰期前施入，微生物有机肥价格，以满足其所需。
3、生物菌肥在土壤中经大量繁殖后才能发挥以菌抑菌的作用，故要在定植前提早施入，使其有繁殖壮大的时间，可随有机肥一起施入土壤，也可在定植之前或定植时穴施。
生物菌肥内含有特定的体微生物，通过其生命活动促进植物营养元素的供应量吸收，有的还能释放生长素并******微生物的形成。其作用机理有改善土壤的理化特性，提供植物所需的营养元素，改善植物对营养的吸收，使叶绿素含量增加，减少呼吸作用；微生物在正常的生长中释放素，天然微生物有机肥价格，刺激作物根系的生长，使作物积累营养成分，天然微生物有机肥价格，终使产量提高；还可以增强植物抗逆性，***病虫害发生，降低产量损失。
生物菌肥的分类
①按jun种
枯草芽孢杆jun：增加作物抗逆性、固氮。
巨大芽孢杆jun：解磷(磷***)，具有很好的降解土壤中有机磷的***。
胶冻样芽孢杆jun：解钾，释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
地衣芽孢杆jun：抗病、杀灭***菌。
苏云金芽孢杆jun：杀虫(包括根结线虫)，对鳞翅目等节肢动物有特异性的杀活性。
侧孢芽孢杆jun：促根、杀菌及降解***。
胶质芽孢杆jun：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根***：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素(特别是磷)的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力队。
凝结芽孢杆jun：可降低环境中的氨气、硫画氢等***气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫有前途的生防制剂。
②按功能
有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等。
分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷***和复合***等。
分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐***、无机磷***等。
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