运行节能，洁净室送风、排风、新风之间应切换自如，如生产停止、排风柜也应停止或减小风量，新风也应调小。工艺并非要求值班风机运行保护的，应采用提前开机自净的办法。洁净室通风机转速使其压头可以控制，不要总处于压头或风量运行的工况。运行应地利用室外空气冷却作用，并在此时增大新风比。洁净室应根据室外气象条件变化，通过自控或手控即能调整设备出力。缩小洁净空间体积，如洁净隧道或隧道式洁净室，根据生产要求把洁净空间划分为洁净度级别不同的工艺区、操作区、维修区和通道区。
洁净室状态有:动态洁净室:处于正常使用的洁净室，服务功能完善，有设备和人员;如果需要，可从事正常的工作。
洁净室分类主要分为工业洁净室（无尘）和生物洁净室（无尘无菌）工业洁净室和生物洁净室，其实都属于洁净室，本质上的区别主要是一个针对无尘，一个针对无菌两者主要目的有所区别，因此在设计和施工要有所侧重。工业是适用于精细机械工业电子，工业半导体，集成电路的宇航工业原子能工业光磁产品工业，脑磁头消费等多行业。生物洁净室适用于制药，工业******室，食品，化妆品，饮料产品消费，理化检验室，血站等。洁净室状态有:静态洁净室:各种功能完备、设定安装妥当，可以按照设定使用或正在使用的洁净室(设施)，但是设施内没有操作人员。
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