无菌车间又叫无菌室，它的要求更高，除了按洁净室要求处理空气中微粒外，还需要对室内空气进行灭菌处理，即同时要去除生物污染源，对灭菌室检查还需要对室内空气采样培养，以杜绝源。******室、血液透析室、***及三类一次***生产都要求使用无菌室;但是检测时需要检测浮游菌、沉降菌等菌落数。
无菌定义是要求没有微生物的存在，为了达到无菌车间内没有微生物，无菌车间在产品制造过程中需要采取各种方法来去除制品中原有的微生物和防止制品受到微生物的污染。
空气过滤器的选用布置和安装方式，应符合：初效空气过滤器不应选用浸油式过滤器；中效空气过滤器宜集中设置在净化空气调节系统的正压段；空气过滤器或亚空气过滤器宜设置在净化空气调节系统末端，空气过滤的安装方式应简便可靠，宜检漏和更换；中效、亚、空气过滤器宜按额定风量选用；阻力、效率相近的空气过滤器宜设置在同一净化车间内。
确定集中或分散式净化空气调节系统时，应综合考虑生产工艺的特点和净化车间空气的洁净度等级、面积、位置等因素。凡生产工艺连续、无尘室或净化车间面积较大时，位置集中以及噪声控制和振动控制要求严格的洁净室，宜采用集中式净化空气调节系统。
单向流洁净室主要用于电子工业和生物制药生产的局部区域。在生物产品生产中主要采用局部设置层流罩或净化工作台或生物安全柜等来满足产品生产工艺的要求。在电子工业中的微电子产品或一些电子器件产品生产中需要一个房间或一条生产线，甚至数条生产线的主要工序均需设置在严于5级的洁净室内，才能达到产品生产的要求。为此，单向流洁净室的空间布置己从 “单层”布置发展到“多层”布置。
