经过调查发现，引起效果不稳定有产品本身的问题，也有储运和用户使用的问题。因用户不正确使用，微生物肥料效果降低的现象十分常见，农户使用这类肥料存在诸多误区。
误区一：一个季节使用一次就可以，一次使用作用可持续多年。
部分微生物jun种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位。
要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。
误区二：不注重菌的种类，认为一种菌可以解决多种问题。
少数用户在选购微生物肥料时，只注重是不是含菌，而不关注菌的种类，缺乏对症用菌的意识，使用了不对症的菌品种，产品效果难以发挥，难以达到用户目的。
现阶段在农业获得登记的微生物品种有根瘤菌菌剂、固氮菌菌剂、解磷类微生物菌剂、硅酸盐微生物菌剂、光合***菌剂、有机物料腐熟剂、促生菌剂、菌根菌剂、生物修复菌剂等，不同品种具有的功能也不同。
误区三：超过保质期使用就没有效果。
超过保质期并不意味着产品没有效果，要区别对待。
在实际应用中，也发现了一些特例，如荧光假单胞菌剂制品(液体)，超过保质期使用，其作用非但没有减效，而且较之前更突出，有待进一步研究。
提高化肥利用率的作用
随着化肥的大量使用，其利用率不断降低已是众所周知的事实。这说明，仅靠大量增施化肥来提高作物产量是有限的，更何况还有污染环境等一系列的问题。为此各国科学家一直在努力探索提高化肥利用率达到平衡施肥、合理施肥以克服其弊端的途径。微生物肥料在解决这方面问题上有独到的作用。所以，根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
影响根系发育主要有三个因素
1.土壤的物理因素：土壤中的水分、空气、温度、团粒结构等都是影响根系生长的物理因素。比如：土壤温度是冬季作物生长的关键因素，温度过低时，如遇到降温雨雪天气，根系的生理活动减弱，严重的会出现冻上与死。
2.土壤养分：根系具有向肥性，因此在肥沃的土壤或施肥条件下，根系发达，毛细根多，活动时间长。有机肥、氮磷钾、钙镁硼锰都能促进根系生长。
3.土壤酸碱度：在酸性土壤上，***元素及其有机配合物对根系有***作用；土壤pH过高也会直接***根系的生长。
那么如何对症下药，采取有效措施为作物根系生长建立并保持一个健康的环境呢？方法来了！
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土壤有机质：在施用生物菌肥后，还要注意增施有机肥，因为生物菌在土壤有机质丰富的前提下才能发挥出效果来。因此，蔬菜定植前一定要注意施足有机肥，一般每亩施用5000公斤左右（腐熟农家肥），商品有机肥大概在500公斤左右。
生物肥施用方式：生物菌肥好做底肥使用，尽量早施；微生物菌剂也可以作追肥使用，施用时穴施。另外，施肥的深浅也要拿捏好，如果太浅，易遭阳光直射失去活性。
生物农要施用方式：可湿性粉集、乳粉集等可以兑水灌根使用，也可以再移植蔬菜时蘸根；粉集、微粒剂可以拌种，也可以与腐熟有机肥一起使用。
有些人用了一两天没有发现效果，觉得是jia的，其实这主要是微生物制剂效慢，就su效来说当然比不过化肥、化药，但是胜在、持效期长。如果把以上几个要点抓住了，微生物制剂想不发挥效果都难。而到底有没有化肥农要好用，小编觉得还是要“骑驴看唱本，走着瞧！”