微灌系统软件的管路在长期性应用后，为防止堵塞，应按时对其开展冲洗。微灌系统软件的管道冲洗应自上而下逐步开展，
支管和毛管应按轮灌组冲洗。管道冲洗的流程与规定是:
⑴
先要开启核心区总调压阀和待冲洗管路的闸阀，关掉别的闸阀，随后启动离心水泵，对管道开展冲洗，直至干管尾端出水清理才行。
⑵
先要开启一个轮灌组的各支管進口和末端阀门，关掉干管末端阀门，开展支管冲洗，直至支管尾端出水清理，再开启毛管尾端，关掉支管末端阀门冲洗毛管，直至毛管尾端出水清理才行，随后再开展下一个轮灌组的冲洗。
⑶
冲洗全过程中应随时随地查验管路状况，并搞好冲洗纪录。
微灌系统软件的管道冲洗工作进行后，应考运作，在试运转中观查管路的壁厚、管材、闸阀等处，如发觉渗漏、渗水、裂开、掉下来等状况，应妥善处理。 
滴头堵塞一直困扰滴灌系统的正常应用
滴灌的滴头流道直径一般小于1mm，防堵塞一直是滴灌面临的主要困难之一。滴头堵塞主要是由悬浮物(沙和杂质)、溶解盐(主要是碳酸盐)、藻类有机物等引起。目前市场上过滤器品种少，规格不全，即使配套过滤也主要解决泥沙等物理性堵塞，生物堵塞和化学堵塞解决缺乏招术。
调查中发现，一些工程设计过分简化了过滤器配置，过滤功能不强；有的用户对过滤器作用认识不足，私自取消网式或叠片过滤器的滤芯。据查，现有报废滴灌工程中有1/3的原因是过滤出了问题。此外，目前适合滴灌用的肥料很少，多数肥料溶解性差，也是滴灌出现堵塞问题的一个原因。
