与常规施肥方法相比，通过灌溉系统施肥有以下优点:
水肥被直接输送到根系土壤，可充分保证养分的有效供给和根系的快速吸收。因水肥溶液在土壤中均匀分布，使得养分分布高度均匀，提高了根系的吸收效率。对微灌而言，由于湿润范围jin限于根系集中的区域及水肥溶液***大限度地均匀分布等原因，施肥效率大大提高。由于微灌的流量小，相应地延长了作物吸收养分的时间。在滴灌下，含养分的水滴缓慢渗入土壤，根区土壤水分饱和后立即停止灌shui，因此可以减少养分向深层土壤的渗漏，特别是硝态氮的淋失。传统上施肥和灌溉都是分开进行的，肥料施入土壤后，由于没有及时灌shui或灌shui量不足，肥料存在于土壤中，根系并没有充分吸收。在灌溉时土壤可以达到水分饱和，但灌溉的时间很短，因此根系吸收养分的时间也短。在田间滴灌施肥系统下种植番茄，氮的利用率可达90%，磷达到70%，钾达到95%。肥料利用率的提高意味着施肥量的减少，从而节省了肥料。
微灌系统软件的管路在长期性应用后，为防止堵塞，应按时对其开展冲洗。微灌系统软件的管道冲洗应自上而下逐步开展，
支管和毛管应按轮灌组冲洗。管道冲洗的流程与规定是:
⑴
先要开启核心区总调压阀和待冲洗管路的闸阀，关掉别的闸阀，随后启动离心水泵，对管道开展冲洗，直至干管尾端出水清理才行。
⑵
先要开启一个轮灌组的各支管進口和末端阀门，关掉干管末端阀门，开展支管冲洗，直至支管尾端出水清理，再开启毛管尾端，关掉支管末端阀门冲洗毛管，直至毛管尾端出水清理才行，随后再开展下一个轮灌组的冲洗。
⑶
冲洗全过程中应随时随地查验管路状况，并搞好冲洗纪录。
微灌系统软件的管道冲洗工作进行后，应考运作，在试运转中观查管路的壁厚、管材、闸阀等处，如发觉渗漏、渗水、裂开、掉下来等状况，应妥善处理。 
喷头的配置。喷头的配置合理与否，直接影响喷洒的均匀性。一般在固定式、半固定式及移动式喷灌机组中多采用全圆喷洒。它允许喷头有较大的间距且喷灌强度低；但由于边角地的喷洒需要、风力的影响以及移动机组行走道路等因素，所以也要求扇形喷洒。喷灌系统多数采用定点喷灌、喷头组合的原则。每一喷头的喷洒面积应与邻近喷头的喷洒面有一定的重复，并有较好的均匀度。
