苦草有无性和有性两种繁殖方式。
1）无性繁殖
苦草冬芽的第2节间在春天形成一个或两个根状茎，并快速形成致密的丝状体幼芽，幼芽向上萌发绿叶；向下长出须状根形成苦草母株，又可再生出匍匐茎形成子株和根茎网络。） 有性繁殖苦草为雌雄异株，雄花小、量大，每株雄株产生花粉约47万粒， 一天内释放花粉两次；雌花花柄的高矮常与水深正相关，有利于遇到雄花受粉，完成受粉后花柄螺旋状收回，在水下发育成果实，在晚夏或早秋，部分果实释放种子。
研究发现苦草生物量及无性系分株数随水深梯度的增加显著降低，其株高随水深增加呈先升后降的趋势。顾燕飞等的试验表明，随着水深增加，苦草单位面积株数和匍匐茎数明显下降，但叶片长度、宽度、厚度、面积、匍匐茎长度、茎粗和块茎粗随水深显著增加。水深1.4~2.2 m的范围内，刺苦草有性繁殖体的生物量、有性繁殖体的收获系数和繁殖体个数都随水深的增加而减少；
藻类对苦草生长的影响：研究表明水网藻附着苦草叶片后导致叶片光响应能力显著下降。主要表现在:在水网藻主要附着的苦草叶片上部, 15 d后光系统 (PS) 的光化学效率显著降低;附着水网藻的叶片通过热的形式耗散掉的能量极显著增加, 有效荧光产量、光化学淬灭系数和相对光合电子传递速率、叶绿素A (Chl.a) 、类胡萝卜素 (Car) 和叶绿素a与叶绿素b之比 (Chl.a/Chl.b) 均显著降。
