有的基团在与底物结合时起结合基团（binding group）的作用，有的在催化反应中起催化基团（catalytic group）的作用。但有的基团既在结合中起作用，又在催化中起作用，酵素，所以常将活性的功能基团统称为必需基团（essential group）。它们通过多肽链的盘曲折叠，组成一个在酶分子表面、具有三维空间结构的孔穴或裂隙，以容纳进入的底物与之结合并催化底物转变为产物，这个区域即称为酶的活性中心。
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如：肠激酶和肌激酶，从字面看，很似来源不同而作用相似的两种酶，实际上它们的作用方式截然不同。又比如：铜硫解酶和乙酰辅酶A转酰基酶实际上是同一种酶，但名称却完全不同。
鉴于上述情况和新发现的酶不断增加，为适应酶学发展的新情况，国际生化协会酶会推荐了一套系统的酶命名方案和分类方法，决定每一种酶应有系统名称和习惯名称。同时每一种酶有一个固定编号。系统命名酶的系统命名是以酶所催化的整体反应为基础的。例如一种编号为“3.4.21.4”的胰蛋白酶，个数字“3”表示水解酶；第二个数字“4”表示它是蛋白酶水解肽键；第三个数字“21”表示它是丝氨酸蛋白酶，增加酵素，活性位上有一重要的丝氨酸残基；第四个数字“4”表示它是这一类型中被指认的第四个酶。规定
1833年，法国的培安和培洛里将磨碎麦芽的液体作用于淀粉，结果发现淀粉被分解，于是将这个分解淀粉的物质命名为Diastase，也就是现在所谓的淀粉酶。后来，Diastase在法国成为用来表示所有酶的名称。
1836年，酵素哪里买，德国马普生物研究所科学家施旺（T.Schwann，超级酵素，1810—1882）从胃液中提取出了消化蛋白质的物质，解开消化之谜。
“酶”（enzyme）这个名称的使用，始于19世纪后半，是1872年由居尼所提出的。
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