0世纪20年代的酒精、甘油等发酵工业，属于厌氧发酵。
20世纪40年代初，随着青***的发现，逐渐兴起。由于青***产生菌是需氧型的，微生物学家就在厌氧发酵技术的基础上，成功地引进了通气搅拌和一整套无菌技术，建立了深层通气发酵技术。这使有机酸等都可以用发酵法大规模生产。
1957年，日本用微生物生产谷氨酸成功，如今20种氨基酸都可以用发酵法生产。氨基酸发酵工业的发展，是建立在代谢控制发酵技术的基础上的。90年代，代谢控制发酵技术已经用于核苷酸、有机酸和生产中。
20世纪70年代以后，***工程、细胞工程等生物工程技术的开发，使发酵工程进入了定向育种的阶段。
20世纪80年代以来，随着学科之间的渗透和交叉，数学、动力学、化学工程原理和计算机技术开始被用于发酵过程的研究。
90年代以来，自动记录和自动控制发酵过程的全部参数已经被应用于生产。
电极，用来监测发酵过程中发酵液pH和DO的变化控制器，用来显示和控制发酵条件等等。
微生物转化发酵
微生物转化就是利用微生物细胞的一种或多种酶，把一种化合物转变成结构相关的更有经济价值的产物。可进行的转化反应包括：脱氢反应、氧化反应、脱水反应、缩合反应、脱羧反应、氨化反应、脱氨反应和异构化反应等。***突出的微生物转化是甾类转化，甾类包括醋酸可的松等皮质，是用途很广的一大类***。
生物工程细胞的发酵
这是指利用生物工程技术所获得的细胞，如DNA重组的"工程菌"，细胞融合所得的"杂交"细胞等进行培养的新型发酵，其产物多种多样。如用***工程菌产胰岛素、干扰素、青***酰化酶等，用杂交瘤细胞生产用于诊断的各种单***。
人类cDNA***与酵母中功能已知***缺陷型进行遗传互补可以确定人类新***的功能，但是这种互补实验会受到酵母***组中其它丰余***的影响。如果构建的酵母小***组中所保留的***可以被人类或者病的DNA序列完全替换，那么替换后的表型将完全取决于外源***，这将成为一种筛选和抗病毒物的分析系统。细胞形状以卵形和长卵形为主，也有圆或短卵形细胞（细胞长/宽≈2）。这类酵母主要用于酿造葡萄酒和果酒，也可用于啤酒、蒸馏酒和酵母生产。