大肠菌群检测的关键在于方法的选用，食品中大肠菌群检测有两种表示方法。
1、是以100mL(g)检样内大肠菌群较大可能数(MPN)表示，检测方法需使用GB/T 4789.3-2003《食品卫生微生物学检验大肠菌群测定》；
2、以每g(mL)样品中大肠菌群的MPN值表示，检测方法需使用GB 4789.3-2016《食品安全***标准 食品微生物学检验 大肠菌群计数》。
3、现行食品标准中规定的大肠菌群指标以“CFU/克或CFU/毫升”为单位的，适用GB 4789.3-2016，故检测样品前需根据产品标准认真选择方法。
例如，GB/T2717-2003酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法一GB/T 4789.3-2003。又如GB/T 2718-2014酱油卫生标准中对大肠菌群的要求需使用方法二GB4789.3-2016。
酶底物（英语：substrate）在生***学领域指参与生化反应的物质，可为化学元素、分子或化合物，经酶作用可形成产物，一个生化反应的底物往往同时也是另一个化学反应的产物。
1、酶是一种有催化功能的蛋白质。
2、底物就是能和特异的酶结合的物质。
3、当酶结合其特异底物时，在适当条件下，就会被催化转变为其它物质。
检测用途：
酶底物法测定用途：用于检测水中总大肠菌群粪大肠菌群（耐热大肠菌群）和大肠埃希氏菌。可用于检测水的类型：饮用水、水源水、废水、食品水、地表水、地下水、海水、瓶装水、中水、二次供水、管网水、畜牧用水、yi疗用水等。
酶底物法采用 ONPG 和 MUG 两种营养指示剂，这两种***分别可以被大肠菌群的 β-半乳糖苷酶和大肠***的 β-葡糖醛酸酶分解代谢。当大肠菌群在酶底物检测***中生长时，其使用 β-半乳糖苷酶分解代谢 ONPG，并使样品从无色变为***。大肠***使用 β-葡糖醛酸酶分解代谢 MUG 时，能够发出荧光。
