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筛选出性能优良的菌株后，如何获得有效生物量更高的产品，是枯草芽孢***工业化生产中的核心问题。目前，应用于工业化的发酵工艺主要有以下3种：液态发酵、固态发酵和液固两相发酵。实际生产中，以液态发酵为主。
液态发酵是将活化接种到发酵罐中，进行液体培养的方法。其一般流程为接种，发酵罐培养、过滤、浓缩、干燥从而得到菌剂。该方法的优点为液体环境有利于菌体、底物、产物以及热量的扩散，农用枯草芽孢***，使得发酵在均质均热的条件下进行；发酵过程速度快，周期短；便于监测和控制；易扩大培养规模。缺点为液体培养基的水分多，使得有价值的大分子物质浓度低，产生的废液也多；后续分离纯化困难，成本较高。
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