微生物菌肥是根据土壤微生态学原理、植物营养学原理、以及现代“有机农业”的基本概念而研制出来的。微生物肥料是以活性（可繁殖）微生物的生命活动导致作物得到所需养分（肥料）的一种新型肥料生物制品，是农业生产中肥料的一种（也称第三代肥料）。
使用注意事项
选择质量合格，过期不能用。 菌肥必须保存在低温（适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的jun种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆jun要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。
使用生物菌肥必须投入充足有机肥
有机质是微生物的主要能源，有机质分解还能供应微生物养分。因此，施用生物肥料时必须配合施用有机肥料，所以菜农在使用菌肥时应与粪肥等有机肥一起施用，不但可加快有机肥的腐熟速度，而且能促进菌群的形成，提供菌肥的肥效。因此，必须供应充足的氮磷钾及微量元素。例如豆科作物生长的早期，必须供应适量的氮素，以促进作物生长和根瘤的发育，提高固氮量；施磷肥能发挥“以磷增氮”的作用；适量的钾钙营养有利于微生物的大量繁殖；钼是根瘤菌合成固氮酶必不可少的元素，钼肥与根瘤菌肥配合施用，可明显提高固氮效率。
生物菌不宜与氮磷钾大量元素肥料共同使用
生物菌适合与有机质共同使用，但是与氮磷钾等复合肥料共用，能杀部分微生物菌，降低肥效。
土壤微生物菌剂的功能
1.提高化肥利用率。
微生物菌剂有效菌大多能分解土壤中有机质，有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸与土壤中的氮形成腐殖酸铵，可减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为塑效钾、塑效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费
2、 改善土壤养分。
微生物菌剂有效菌能够促进土壤中难溶性养分的溶解和释放，提高土壤养分的供应能力。有效菌所分泌胞外多糖物质，是土壤团粒结构的粘合剂，能够增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤通透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供应状况。可降解土壤中的***含量，减少土壤的污染。
3、保护生态环境。
微生物菌剂是绿色环保的产品，利用的原料是自然界可降解的物质，对生态环境零污染。
微生物有机肥料含有有机物质，不仅可提供作物生长所要的各类营养物质，而且能改善土壤的结构、增强土壤保水保肥能力。有机质分解后产生腐殖酸、***、生素和各种酶，改善了作物根系的营养环境，促进了作物根系及地上部分的生长发育，提高了作物对养分的吸收能力。有机质分解所产生的有机酸还可提高土壤中微量元素的有效性。
“菌美多?微生物菌剂”是北京京农克奥生物科技有限公司研制开发的一种高活性高浓度微生物菌剂。有益活性菌群高，有机载体营养足，能够解除土壤板结，改良修复土壤。适用于柑橘、柚子、脐橙、苹果、葡萄、大樱桃、梨、桃等果树，大蒜，大姜，土豆、蔬菜、瓜果、花卉、***等以及其他大田作物。