安全施用特别是喷灌和微喷灌施肥，要注意防止肥料叶片和根系。通过水溶肥在根系附近施用补充腐植酸、氨基酸、海藻酸等有机活性物质，能够与微生物进行信息交流和能量交换，进而***病原微生物的增加，减少作物土传病害的发生。通常控制肥料溶液的可溶性盐浓度EC值在1～3ms/cm(毫西门子每厘米)，或每方水溶解1～3公斤，相当于稀释350～1000倍，或喷施肥料后喷一次清水。淋施浇施时同样要防止浓度过大烧根烧苗。生产中***的办法就是用少量肥做试验，发现对叶片有伤害时降低浓度应用。一些大的种植户则可购买手持电导率仪来监测肥料浓度，特别对水源盐分浓度高的地区更加适用。
与其他肥料配合施用通常水溶性肥料只做追肥。近几年，***在政策方面给予了水肥一体化很大的支持，水肥一体化已经从“农业”试点与示范开始向普及应用发展。在推荐施肥时，应基肥与追肥结合，有机肥与无机肥结合，水溶性肥与常规肥结合。不要强调水溶性肥代替其他肥，而要配合使用，降低成本，发挥各种肥料的优势。通常基肥施用有机肥、磷肥、镁肥等，追肥用水溶性肥，少量多次施用。
无机水溶性肥料与有机水溶性肥料配合施用现在常用的有机水溶性肥料有氨基酸、黄腐植酸、海藻多糖等。这些物质有刺激根系生长、螯合金属微量元素、提高作物抗逆性等功能。两者配合施用会显著促进养分吸收，提高肥料利用效率。
避免直接冲施,要采取二次稀释
水溶肥比一般复合肥养分含量高,用量相对较少,直接冲施极易造成烧苗伤根、苗小苗弱等现象,二次稀释不仅利于肥料施用均匀,还可以提高肥料利用率。
少量多次施用
由于水溶肥性强,难以在土壤中长期存留,少量多次是的施肥原则,符合植物根系不间断吸收养分的特点,减少一次性大量施肥造成的淋溶损失。一般每次每亩用量在3-6千克。