扩增检测实验室原则上分为4个单独的工作区域：试剂储存和准备区、标本制备区、扩增反应混合物配制和扩增区、扩增产物分析区。为避免交叉污染，进入各个工作区域必须严格遵循单一方向进行。
虽然这些污染对PCR实验结果的影响已经受到了广泛重视，多数实验室对污染控制都采取了各种办法，比如定期大扫除清理、划分操作区域、试剂分装、操作谨慎、重复实验、多角度验证结果。但是微量的核酸片段就能被扩增，所以对污染物的控制不仅仅是做到这些就能够杜绝和避免的，关键是需要从源头控制。
实验室化学试剂大多数具有一定的毒性和危险性，对实验室化学试剂的仓储管理，不仅是保障分析结果质量的需要，也是确保生命财产安全的需要。化学试剂的管理应根据实际的毒性、性、腐蚀性和潮解性等不同的特点，以不同的方式妥善管理。
农产品检测实验室因使用大量有机、无机化学试剂甚至化学物品而对环境有很大的污染性，因此实验室建设应远离居民区。考虑到实验室通风要求和节约能源，实验室应为独立建筑，多层建筑，如果是共用建筑，应该在多层建筑特别是高层建筑的顶部，这样在实验室的通风设计和使用时会节约大量的资源和能源，并且通风效果较好。
作为实验室内的主要储藏药品以及试剂的设备通常使用实验室专用柜，其通用领域包括类、检测食品、物理化学实验以及生物等，按照药品柜的构造材质不同，包括全木型、全钢型以及不锈钢型等材质。如果按照安全系数分类包括普通和抽气型。
选购的实验室设备中必不可少的就是试验台，通风柜以及实验室柜三种实验室家具，三样家具分工不同，所以他们的性能也就不同，其中实验室专用柜的作用是储藏实验室样品及实验室作业中所用到的药品及试剂。
