能源审计是一套科学的、系统的和操作性很强的程序，这套程序引用了如下原理方法：物质和能量守恒原理、分层嵌入原理、反复迭代原理、穷尽枚举原理。
物质和能量守恒原理：物质和能量守恒这一大自然普遍遵循的原理，是能源审计中尤为重要的一条原理，是进行能源审计的重要工具。在获得被审计用能单位的资料后，可以测算能源投入量、产品的产量，在此期间建立一种平衡，则将大大有助于弄清用能单位的能源管理水平及其物质能源的流动去向，帮助发现用能单位的能源利用瓶颈所在。物质和能量守恒这种工具是对用能单位用能过程进行定量分析的一种科学方法与手段，是用能单位能源管理中一项基础性工作和重要内容，开展用能单位能源审计必须借助这一原理。
反复迭代原理：能源审计的过程，是一个反复迭代的过程，即在能源审计的过程中要反复的使用上述分层嵌入原理。分层嵌入原理这一方法适用于现场考察，也适用于产生节能方案阶段，有的阶段应进行三个层次、八个方面的完整迭代，有的阶段不一定是完整迭代。
穷尽枚举原理：穷尽枚举原理的***，一是穷尽、二是枚举。所谓穷尽，是指八个方面（能源、转换设备、输出设备、过程控制、管理、员工、输送管网、废弃能）构成了用能单位节能方案的充分必要集合。换言之，从这八个方面入手，一定能发现自身的节能方案；任何一个节能方案，必然是循着这八个方面中的一个方面和几个方面找到的。因此，从这八个方面入手可以识别用能单位所有的节能方案。所谓枚举，即是不连续的、一个一个地列举出来。因此，穷尽枚举原理意味着在每一个阶段、每一个步骤的每一个层次的迭代中，要将八个方面作为这一步骤的切入点。因此，深化和做好该步骤的工作，切不可合并，也不可跳跃。
