生物安全柜同时在使用的过程当中，也应该及时的注意清洁和消毒。设备在运行过程中，若设备发出声光报警且是因下降气流或流入气流流速低造成的(看显示窗口分别所显示数值低于设计要求)说明过滤器堵塞己十分严重，风机转速己达到大值，系统无论如何调整都无法达到规定的风速值，此时必须更换过滤器。因为实验完毕之后实验柜当中可能会残留着一些微生物如果不加以消毒和清洁那么这些微生物可能会影响生物安全柜的使用，甚下一次实验。所以在实验完毕之后务必要进行及时的清理和消毒，这样才能确保安全柜的使用寿命以及使用过程中的安全。 一般而言，生物安全柜都设置了警报器。这种警报器也是为了确保整个使用过程中尽可能的安全以及满足相关的实验需求。所以实验者可以根据自身的需求在两种警报器当中选择一种来安装到生物安全柜中。
各生物安全等级适用的生物安全柜可分为一级、 二级和三级，来满足不同的研究和防疫要求。热空气上升，因此任何明火都会使空气上升到层流下降，产生湍流并阻碍BSC保护工作区域样品的能力。其中，一级生物安全柜可以保护工作人员和环境，但不保护样品。二级生物安全柜则是目前应用为广泛的柜型。而目前世界上高安全防护等级的安全柜为三级，其实为四级实验室生物安全等级而设计的，适用于高风险的生物实验。 面对不同等级的生物安全柜，很多用户在选择时面临了难题。为此，有***建议，二级生物安全柜已经能基本满足正常的工作需求。倘若要做一些未知、病毒和的研究则需使用三级生物安全柜。
生物安全柜中不使用明火的理由
II类BSC 通过在机柜的工作区域上传递向下层流气流（以恒定速度单向行进的空气，没有湍流）来维持样品保护。热空气上升，因此任何明火都会使空气上升到层流下降，产生湍流并阻碍BSC保护工作区域样品的能力。
如果明火变得太热，它还具有熔化粘合剂的能力，该粘合剂将HEPA过滤介质保持在其框架上。这***了HEPA过滤器的有效性，导致正压通风系统中的安全壳损失。
