电池寿命缩短。由于频率漂移，将导致SCR（可控硅）整流器的驱动信号与输入交流电不同步，造成整流器关闭。在整流器重新启动进入正常工作期间，UPS转为电池供电。如此过分地放电循环，将大大缩短电池寿命。更严重的情形是会将电池电量全部放光，输出中断。另外，在同一用电系统中，当空调压缩机启动和电梯升降的瞬间会导致发电机发生频率漂移。
发电机与UPS组合所带来的问题是客观存在的，解决问题可以从两个方面进行：一方面正确选择发电机的励磁工作方式和机组功率，不同的励磁方式和适当的匹配功率等有助于将问题小化；另一方面选择更能适合发电机组特性的UPS，如：具有旁路锁相频率范围和逆变器同步速率现场可调功能的UPS对频率的漂移适应性比一般UPS好。12脉冲整流器UPS比6脉冲整流器UPS更能适合发电机组配合供电，从而确保整个供电系统安全可靠运行。
如果您购买的是主用400kW的机组，那么您12个小时之内有1个小时可以运行到440kW，如果您购买的是备用400kW的机组，假如您不超载平时都开在400kW，其实该机组一直都开在超载状态(因为该机组实际额定功率只有360kW)，这对机组是非常不利的，将会缩短机组的寿命和造成故障率变高。所以，柴油发电机组很好的佳功率的选择是在用户的总负荷基础上加10%功率储备,这样既经济又实用。
另外，柴油发电机系统在定期健康检查时不允许长时间空载运行，机组的空载运行本身也会产生以下危害：
1．长时间空载运行会使柴油机喷油嘴喷出的柴油不能完全燃烧导致积碳，造成气门、活塞环漏气；
2. 活塞—汽缸套密封不好，机油上窜，进入燃烧室燃烧，排气冒蓝烟；
3. 对于增压式柴油机，由于低载、空载，增压压力低，容易导致增压器油封（非接触式）的密封效果下降，机油窜入增压室，随同进气进入汽缸；
