对反渗透膜元件的清洗一般分为物理清洗和化学清洗两种，而化学清洗的频次越高，对反渗透膜元件的损伤越大，严重影响了膜系统的使用寿命。所以，一般很难掌握好膜系统的化学清洗。
反渗透膜清洗频率与预处理措施的完善程度是紧密相关的。预处理越完善，清洗间隔越长；反之，预处理越简单，清洗频率越高。
一般膜清洗是遵循（10%法则）——当校正过的淡水流量与初200h运行（压紧发生之后）的流量之比，降低了10%和（或）观察到压差上升了10～20%就需进行清洗。
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反渗透膜清洗方法：
水一气混合清洗法
将净化过的压缩空气与水一道送入超滤装置，水一气混合流体会在膜表面产生剧烈的搅动作用而去除比较顽固的杂质。效果也比较好。
技术人员指出，反渗透膜清洗时选择化学***的原则：一是不能与膜及其他组件材质发生任何化学反应，二是不能因为使用化学***而引起二次污染。
反渗透膜常见污染物及清洗方法
有积沉积物：
有机沉积物（如微生物粘泥或霉斑）可以使用清洗液去除，为了防止再生繁殖，可使用杀菌液在系统中循环浸泡，一般需较长时浸泡才能有效，如反渗透装置停用超过三天时，采用清毒处理。
