利用深层发酵技术可使某些食用菌产品生产工厂化，特别是对于某些难于在人工培养基上产实体或者其菌丝体具有与子实体相类似的食(药)用菌，例如灵芝( Ganoderma lucidum)、羊肚菌( Morchella esculenta)、蜜环菌( Armillaria mellea)、( Cod yepes sinensis)等，食用菌层架，则可利用发酵产物作为代用品，部分代替子实体的食(药)用价值。
人防工事栽培方式的改革，生料或熟料栽培食用菌，食用菌层架参数，应采用封闭式袋装。采用两步栽培法，地下栽培室多的单位，可以采用轮换的方式。还要减少人防工事的孢子密度。深层发酵技术除可以生产液体，食用菌层架定制，还能生产菌丝体产品。菌丝中含有丰富的营养物质，可以将菌丝加工成食品或食品的配料。
通过菇房栽培平菇，大多利用废弃的房屋来进行。菇房和床架菇房要靠近水源，门朝南，南北墙要安装玻璃窗，墙壁和屋顶要厚实，便于保温防暑。为了充分利用空间，菇房都是床架生产，床架可竹木或三角铁制作，架底层距地面16厘米，层距0.6米，上层以屋内放得下为准，架宽0.6米，过宽不利于床底发菌，也不利于操作。床架南北排列，架距墙0.6米，床架之间0.6米。播种前在每层床架上铺竹竿，每根相距1.5厘米。
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