消毒装置是消毒柜的核心部分，主要由消毒灯管(紫外线灯管)、荧光灯座、镇流器、启辉器等部分组成。
紫外线灯管可以产生两种不同波长的紫外线，一种是波长254nm的紫外线，这种波长的紫外线具有强的杀菌能力，可直接照射杀菌;另一种是波长18，9nm的紫外线，它能将空气中的02分离成两个氧原子，然后再与其他02分子结合成03，这样就能产生纯净的臭氧。目前使用的有高硼紫外线灯管和石英紫外线灯管。石英紫外线灯管产生紫外线，使空气中的氧气发生化学变化，产生大量的臭氧。
微波杀菌是一种、节能、稳定、可靠、设备简单、操作方便和新技术。微波杀菌机的特点是设备连续生产，只需要用电，不需要其它能源，能快速的将物料中的***，设备占地小，无污染，操作简单；不需要预热也没有在停机后还有能源损耗。人工少，产品质量高。设备***化程度高，是别的设备无法替代的高新技术产品。利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。
对于餐饮具等耐高温高湿的物品来说，单纯的紫外线消毒并不能取得良好的消毒效果，而高温消毒的效果非常可靠。
对于不能耐受高温高温的物品来说，比如纸质文件，可以使用紫外线消毒柜，但不能使用高温消毒柜。
事实上，市场上的餐饮具消毒柜，多数是使用高温、紫外线、臭氧等消毒原理的两两组合，但一般均至少具备高温消毒功能。另外，紫外线消毒柜所用紫外线灯的辐照强度一般都比较高，使用时除了紫外线的辐照之外，同时产生的臭氧也具有很好的消毒功能（只是臭氧需在较高湿度环境条件下才能发挥消毒效果）。