南海表层盐度的分布，近岸和外海的区域差异很明显。近岸海域大多受低盐沿岸水的影响，盐度较低，季节变化较大。例如珠江口附近盐度等值线的分布，就与珠江冲淡水的扩展方向休戚相关：夏季低盐水舌由偏南向逐渐转东，秋、冬季则由偏东向渐次转南和西南，洪水年份盐度低至7.0以下。外海深水区表层盐度的分布，则为季风环流所左右：冬季，来自太平洋的高盐水舌，经巴士海峡一直向西南伸展；南海中部因东侧补偿流北上，低盐水舌则向东北伸展；夏季，西南季风漂流可使南部的低盐水舌向东北扩展，而把海区北部的高盐水挤向北方。
南海严格说来并无真正的冬季，所以，这种水温均匀层冬季加深的现象，在其北部海区虽然尚属明显，但远没有上均匀层厚度的区域差异那样突出，更不要说广阔的南海中、南部海域了。即使当北半球隆冬降临之时，这里的上均匀层深度也不大，大约只有50m左右。
春、夏季水温铅直向分布的突出特点，是季节性温跃层的形成和强盛。由于上层的增温、降盐、减密，形成稳定层结，不利于热量的向下输送，故使下层海水仍基本保持了冬季的低温特征，因而在渤、黄、东海的陆架海域，赛事检测浮标，底层大都有令人注目的冷水区。黄海槽内约25m以深至底层，均为冷水盘踞，至盛夏，上层水温高达25～27℃，底层水温在北黄海仍可低于6℃，检测浮标，南黄海也可低于9℃，而且上均匀层、跃层和下均匀层这种三层结构异常醒目
根据对渤海、黄海、东海、南海的调查分析，从总体上看，主要海湾、河口及滨海湿地生态系统处于亚健康或不健康状态。海洋生态环境恶化主要表现在：沿岸和近海海域多数传统优质渔业资源日趋枯竭，赛事检测浮标，导致海洋生物资源严重***，一些珍稀物种处于濒危状态；富营养化及营养盐失衡，生物群落结构异常；河口产卵场严重退化，部分产卵场正在逐步消失，生境丧失或改变等。除了远海海域因离岸较远而环境良好以外，沿岸和近海海域已有相当部分受到一定程度的污染，环境质量普遍下降。在一些重要河口、港湾水域，赛事检测浮标，生态环境也严重恶化，生物多样性大为降低，赤潮频发；许多典型生态系统面积急剧缩小，自然景观不断***。港口淤积、航道萎缩、海岸侵蚀以及风暴潮和台风灾害等问题也因生态环境恶化而日趋严重。
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