1、企业认定申报表中的“申报企业上年度经营情况”、“资产负债表”、“损益表”、“企业开发、生产经营软件列表”，需加盖企业所在主管税务部门（国税、地税）公章，缺一不可。
2、申报表中要求签章的地方，提交的两份材料都应加盖公章，复印无效。
3、对不是当年注册的企业，要以上一年度的财务数据为基础，并提供年度财务报表。
4、对损益表中所得税是零的企业，需要提供相关说明材料（企业享受减免税批复或其他说明材料）。
5、在软件企业申报材料中，软件企业开发、生产、经营软件列表中的自主开发的软件:若是自主开发的软件产品必须要有软件产品登记证书，或是有计算机软件著作权登记证书，或是企业与有关单位签订的具有该软件产品自主知识产权的研发合同，以佐证是自主开发。
若是软件服务，则必须是为企业自主研发的产品提供服务。佐证材料必须是企业自主研发产品及为该产品的服务合同。
6、软件企业申报材料必须要有一个软件产品登记（包括在申报软件企业时同时申报的且经审查通过的一个软件产品）。
软件企业通过认定后可享受的税收优惠政策：
经认定的软件生产企业的工资和培训费用，可按实际发生额在计算应***所得额时扣除。对我国境内新办软件生产企业经认定后，自开始获利年度起，***年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。