金丝桃根横切面木栓层约10余列细胞；皮层细胞类圆形，可见少数的分泌腔，直径11～18μm；韧皮部有分泌腔，大小与层皮分泌腔相似，发酵法生产金丝桃素，韧皮射线不明显；形成层明显；木质部宽广，导管射状排列；髓部较小，薄壁细胞类圆形。本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。 [7]
茎横切面
①老茎：木栓层约8列扁长方形的棕色细胞；皮层薄壁细胞类圆形，散有分泌腔，金丝桃素生产原料，直径10～16μm；韧皮部亦散有少量分泌腔，射线不明显；形成层明显；木质部细胞木化，木纤维较发达，导管大多为单列呈射状排列，木射线宽1-2列细胞；髓大，本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。②幼茎：表皮细胞长方形，细胞壁略增厚；皮层较宽，散有分泌腔，直径9～16μm，并可见微木化的纤维束断续排列呈环带状；韧皮部亦散有少量分泌腔。余同老茎。
叶横切面
上、下表皮均为1列切向延长的长方形细胞；栅栏***为1列长柱形细胞；海绵***散有分泌腔；主脉维管束外韧型，上、下表皮侧有厚角***；韧皮部宽，可见分泌腔断续排列成环，本品薄壁细胞含草酸钙簇晶。
金丝桃花序具1-15（-30）花，自茎端第1节生出，疏松的近伞房状，有时亦自茎端1-3节生出，稀有1-2对次生分枝；花梗长0.8-2.8（-5 ）厘米；苞片小，线状披针形，早落。花直径3-6.5厘米，星状；花蕾卵珠形，先端近锐尖至钝形。萼片宽或狭椭圆形或长圆形至披针形或倒披针形，先端锐尖至圆形，边缘全缘，中脉分明，细脉不明显，有或多或少的腺体，在基部的线形至条纹状，向顶端的点状。花瓣金***至柠檬***，无红晕，开张，三角状倒卵形，长2-3.4厘米，宽1-2厘米，长约为萼片的2.5-4.5倍，边缘全缘，无腺体，有侧生的小尖突，小尖突先端锐尖至圆形或消失。
雄蕊5束，每束有雄蕊25-35枚，者长1.8-3.2厘米，与花瓣几等长，金丝桃素生产，花药黄至暗橙色。房卵珠形或卵珠状圆锥形至近球形，长2.5-5毫米，宽2.5-3毫米；花柱长1.2-2厘米，长约为子房的3.5-5倍，合生几达顶端然后向外弯或极偶有合生至全长之半；柱头小。
蒴果宽卵珠形或稀为卵珠状圆锥形至近球形，长6-10毫米，宽4-7毫米。
种子深红褐色，圆柱形，长约2毫米，有狭的龙骨状突起，有浅的线状网纹至线状蜂窝纹。染色体2n=42。花期5-8月，果期8-9月。
贯叶金丝桃，多年生草本，高20-60厘米，全体，可入药。贯叶金丝桃生长于生于山坡、路旁、草地、林下及河边等处，海拔500-2100米。我国主要分布于河北、山西、陕西、甘肃、新疆、山东、江苏、江西、河南、湖北、湖南、四川及贵州。
贯叶金丝桃多年生草本，高20-60厘米，全体。茎直立，多分枝，茎及分枝两侧各有1纵线棱。叶无柄，彼此靠近密集，椭圆形至线形，长1-2厘米，宽0.3-0.7厘米，先端钝形，基部近心形而抱茎，边缘全缘，背卷，金丝桃素生产合成高纯度，坚纸质，上面绿色，下面白绿色，全散布淡色但有时黑色腺点，侧脉每边约2条，自中脉基部1/3以下生出，斜升，至叶缘连结，与中脉两面明显，脉网稀疏，不明显。
花序为5-7花两岐状的聚伞花序，生于茎及分枝顶端，多个再组成顶生圆锥花序；苞片及小苞片线形，长达4 毫米。萼片长圆形或披针形，长3-4毫米，宽1-1.2毫米，先端渐尖至锐尖，边缘有黑色腺点，有2行腺条和腺斑，果时直立，略增大，长达4.5毫米。
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