目前国内外对于蓝藻治理都是在保证鱼类正常生存的情况下，通过减少水体和底泥中的污染，水体生态***，降低水体富营养化水平来达到治理蓝藻大量生长繁殖的目的，主要方法有建设污水处理厂和排水管网，即所有污水都要经过污水处理厂处理后才能排放水中；底泥疏浚，即把上层被污染的底泥打捞上岸；湖泊生态修复，老城区水体生态***，即种植水生植物，***原有的生态系统。但是目前国内三大湖（太湖、巢湖和滇池）治理蓝藻的进度都进展缓慢，原因是三大湖接受人类活动产生的污染仍然存在（比如说生活污水、农业面源污染等，而污水处理厂尚不能达到零污染的效果），水体生态***哪家好，而且关键是底泥（一般都是黑臭泥）被污染严重，会持续向水体释放污染物而形成二次污染。所以蓝藻的治理是需要时间的。
水体生态***施工方法
1、水面养萍草水面上的植物有两种，一种是根在水里的浮水植物，它们是水葫芦、水葫狸等；另一种是根在河、湖底泥里的浮叶植物，它们是荷花、水鳖等。
2、水下种水草实践证明，水草茂盛的水体，往往水质很好，而且与众不同的是清澈见底。人工种植水草，也是修复河道、湖泊水生态系统的重要一环。
3、水里养鱼虾在放养鱼虾时，要注意食草性、食杂性、食肉性之间的搭配。鱼虾在的水里自由洄游，在水面泛起阵阵涟漪，使河道、湖泊显得生机蓬勃。
4、水底爬螺蚌螺蚌等贝壳类动物和大量的底栖动物，在水底形成了另一个世界，黑臭水体生态***，它们是名副其实的水底清道夫，其作用不可小看。
水边栽植物
水边是水生态系统里一个非常重要的组成部分，要尽可能构建挺水植物多样性的环境。在种植方法上，一般可以直接栽在河边的滩地上、斜坡上，也可栽在盆、缸及竹木框之类的容器做成的定床上；直立式防汛墙的下面，在不影响河道断面的基础上，利用河底淤泥在墙边构筑一定宽度，并有斜坡的湿地带，创造挺水植物生长的条件。
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