落地镗铣床的工具系统分为整体式和模块式两种。整体式结构的工具系统每把工具的柄部与夹持刀具的工作部分连成一体。不同品种和规格的工作部分都必须加工出一个能与机床相连接的柄部，这样致使工具的规格、品种繁多，给生产、使用和管理带来诸多不便。
模块式工具系统克服了整体式工具系统的缺点，把工具柄部和工作部分分割开来，制成各种系列化的模块，然后经过不同规格的中间模块，组成一套套不同规格的模块式工具。如我国的G系统，现已开发了TMG10（短圆锥***）、TMG14(长圆锥***)及TMG21(圆柱连接)等模块式工具系统。
落地镗铣床上除了标准刀具外，还时常会用到各种***刀具，如高刚性麻花钻、可转位钻头、可转位扩孔钻、硬质合金螺旋齿立铣刀、机夹硬质合金单刃铰刀、微调镗刀、球头铣刀及各种复合刀具。