水域自净微生物菌群是一个复杂的系统，相互依存，协同作用，任何生态环境的改变都将导致自净功能的受损，直至不可逆转。水域中的微生物大都是依附生存，有些依附于植物，有些依附于底泥，有些附生于固体表面，有些因另外某种微生物的存在而共生。
水域的生态修复是一个系统的、综合的、协同作用的过程。其中利用沉水植物快速修复受损水体，其实质就是通过恢复植物群落，提供生物生存环境，通过微生物来消解污染，通过底栖动物及节肢动物清理残体实现自净，水生态修复哪家好，再利用食物链顶层结构来控制下层链。
水域生态不是单一的群落聚合，而是生物链的完善与循环。因此，水质保障过程中，各生物种群的完善非常有必要。
河道污染的原因及水生态修复的方法
景观河道污染形成原因
城市的景观河道水体污染主要是污染源的侵入，如天然降雨、大气中的扬尘、生活垃圾的侵入，湖水生态修复治理，长期积累的河底淤泥及淤泥释放的有害物质。加上水体缺少必要的循环，溶解氧过低，缺少水生动、植物生存的环境，使水体逐渐失去自净能力，加上河道底泥长期未清，水生态修复，使底泥不断释放分解为N、P等营养盐，导致水体富营养化，水体逐渐变绿，藻类疯长，最终导致“水华”现象，产生异味，容易发黑发臭。
目前治理水污染的主要技术方法
物化方法：
物化方法主要是利用物理、化学原理对污染水体不断进行电解、絮凝、催化氧化、过滤等方法，硝化、降解、分解吸收污染水体中的有害物质。此种方法在处理污染水体效果明显，但是投资费用较大，运行成本较高，不适应治理大型水体。
生态河道治理应该有四个尺度： 地区、流域、集水区、场所。
在集水区尺度上进行保护和恢复的步骤：
1） 归纳集水区特征。明确集水区那些对生态系统的功能和条件产生影响的主要自然、生物和社会过程要素。
2） 找出主要问题。明确与管理目标最相关的集水区要素，水生态修复公司，以及各种问题、社会价值和环境考虑。
3） 确定当前状况。收集与整理当前这些核心问题和重要生态系统要素的状况。
4） 描述参考条件。描述已知的或根据历史推断出的集水区景观，帮助我们了解集水区过去的状况。参考条件还可以帮助我们建立恢复和管理方案的目标。
5） 综合和阐述。综合和阐述以上四步收集的资料，确定生态系统过程之间的时空联系。
6） 建议。由以上四步的结果提出恢复管理的建议，流域分析提供的资料可以支持土地管理决策 。
集水区保护和恢复还应该具备一些管理手段：教育和意识、合作和协调、检测和研究、规划和区分优先次序、资金和技术援助等。
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