球花雌雄异株，单性，生于短枝顶端的鳞片状叶的腋内，呈簇生状。雄球花葇荑花序状，下垂，雄蕊排列疏松，具短梗，花药常2个，长椭圆形，药室纵裂，药隔不发；雌球花具长梗，梗端常分两叉，稀3-5叉或不分叉，每叉顶生一盘状珠座，胚珠着生其上，通常仅一个叉端的胚珠发育成种子，内媒传粉。它的雄花花粉萌发时仅产生两个有纤毛会游动的子。
利用银杏树的根际萌蘖进行，分蘖繁殖是一种常用的方法。银杏树由于大砧高接，大树根部易产生大量的萌蘖，任其自然生长多年，则可形成“怀中抱子”的银杏园林风景。如银杏果切除根蘖繁育苗木，不但节省种子，而且生长快，开花结果早。
分蘖繁殖可采用两种方法：一是利用原有根蘖切离繁殖，二是挖沟断根促发新蘖繁殖。利用原根蘖切离繁殖是***简便的一种方法。每年七八月间，在根蘖茎部***行环形剥皮后培土，经过一个多月后环剥处就能发出新根，第二年春天就可切离母体直接定植。
挖沟断根促发新蘖是在秋季进行，在大银杏树附近适当的地方，挖深宽各50厘米的环状沟，切断侧根，再填入混有肥料的土壤，生长一年即可切离形成新苗。利用分蘖繁殖的小苗，可以直接定植，不需在苗圃里再进行培育，因此，名为分蘖育苗，实为分蘖定株。
扦插繁殖分为老枝扦插和嫩枝扦插两种。
老枝扦插一般于春季3月～4月剪取母株上一、二年生健壮、充实的枝条，剪成每段10厘米～15厘米长的插条，扦插于细黄沙或疏松的土壤中，插后浇足水，保持土壤湿润，约40天即可生根。成活后，进行正常管理。第二年春季即可移植。此法适用于大面积绿化育苗等。
嫩枝扦插是在7月上旬，取下当年生半木质化枝条，剪成2芽一节的插穗或3芽一节的插穗，用100ppmABT生根粉浸泡后，插入透气砂质土壤苗床，注意遮阴，保持空气湿度，待发根后再带土移栽普通苗床。
