分置式MBR：膜组件和生物反应器分开设置。生物反应器中的混合液经循环泵增压后打至膜组件的过滤端，在压力作用下混合液中的液体透过膜，成为系统处理水。
优点：
(1) 膜组件与生物反应器之间的相互影响小。
(2) 单位面积膜的水通量大。
(3) 运行稳定可靠，操作管理容易。
(4) 易于膜的清冼、更换和增设。
缺点：
(1)为减少污染物在膜表面的沉积，需要较高的膜面流速，因而配置的循环泵需要较高的流量，单位产水能耗很高，一般为6～8Kw·h/m3 。
(2)循环泵内的高剪切力会引起生物絮体的***，导致生物活性的降低。
一体式MBR：膜组件置于生物反应器内部，进水进入膜生物反应器，其中的大部分污染物被混合液中的活性污泥去除，再在负压作用下由膜过滤出水 。
优点：
(1)体积小，整体性强。膜组件直接置于生物反应器中，大大减少了占地面积。
(2)运行动力费用低。膜表面的错流是靠空气搅动产生的，混合液随气流向***动，在膜表面产生剪切应力，在这种剪切应力的作用下，沉积在膜表面的颗粒容易脱离膜表面，因此不需要功率较大的循环泵 。
缺点：
(1) 需要定期将膜组件取出生物反应器进行化学清洗，因而管理方面上不及分置式。
(2) 出水不连续。
(3) 单位膜面积膜的产水量较低，一般仅为5-10L/m2·h。
（一体）复合式MBR：形式上也属于一体式膜生物反应器，所不同的是在生物反应器内加装填料，从而形成复合式膜生物反应器，改变了反应器的某些性状 。