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二级生物安全柜同一级生物安全柜一样，气体也是从外部流入二级生物安全柜，通常称为进流。进流能够防止微生物操作时产生的气溶胶从安全柜前面操作窗口逃逸到实验室内。然而，它们不同于一级生物安全柜之处为，湖南安全柜，只让经HEPA过滤的（无菌的）空气流过工作台面。内置风机将空气经前面的开口引入安全柜内并进入前面的进风格栅。因此没有经过过滤器过滤的空气不会直接进入工作区，从而保护安全柜内部存放的样品和仪器不被外界空气所污染。
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生物安全柜内不放与本次实验无关的物品。柜内物品摆放应做到清洁区、半污染区与污染区基本分开，操作过程中物品取用方便，且三区之间无交叉。物品应尽量靠后放置，但不得挡住气道口，以免干扰气流正常流动。
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生物安全柜的主要国际标准：美国标准NSF 49:2002欧洲标准EN 12469:2000澳大利亚标准AS 2252日本标准JIS K 3800:2000
生物洁净安全柜可提供样品和工作人员的双重保护。过滤后的洁净气流从安全柜顶部吹下，通过工作区域，在到工作人员的呼吸区域前被俘获。气流在放空0前将被过滤，一般情况下过滤后的空气将被排回实验室或者通过排气管道排出室外
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