巴氏杀菌机的杀菌流程：
封口后的罐或 ( 瓶 ) 经输送带的传送，进入巴氏杀菌机的内部。在巴氏杀菌机中的各个温度区域内，产品的温度受到精细的调节。当通过隧道时，容器受到不同温度水的喷淋，也就是预热阶段、加热阶段（杀菌阶段）、和冷却阶段。杀菌机前端的逐步加热和后端的逐步冷却是非常重要的。这样，既可以避免过热而造成的口味损失，又能够防止容器热应力的突变而产生的碎瓶。
巴氏杀菌机为流水线水浴式杀菌。不仅节省人工成本，更提高了生产效率。根据不同的产品，可选择双网带跟单网带两种输送模式。双网带主要是针对在水中漂浮的产品，把产品压在水中，使其杀菌更彻底均匀，保证产品质量。
巴氏杀菌机生产工艺流程说明如下：
将包装好的产品，由输送带集中输送至杀菌隧道(高压泵水和蒸汽混合后加热)进行灭菌处理（90度、10--30分钟,温度和时间可根据需要调节），杀菌工艺完成后自动输送到冷却隧道（水循环冷却）进行降温处理，再自动输送至烘干机干燥处理，干燥完成后直接进入工作平台进行包装。
国际上通用的巴氏高温消毒法主要有两种：
一是将牛奶加热到62~65℃，保持30分钟。采用这一方法，可杀掉奶中各种生长型致病菌，灭菌效率可达97.3%~99.9%，经消毒后残留的只是部分嗜热菌及耐热性菌以及芽孢等，但这些***多数是乳酸菌，乳酸菌不但对人无害反而有益健康。
二是将牛奶加热到75~90℃，保温15~16秒，其杀菌时间更短，工作效率更高。但杀菌的基本原则是，能将病原菌杀掉即可，温度太高反而会有较多的营养损失。
