“三清”之称始于六朝，开始仅指“三清境”。“三清”之作为道教尊神，是伴随着道教三洞经书说逐步形成的。《道教义枢》卷二云：“但知洞真法天宝君住玉清境，洞玄法灵宝君住上清境，洞神法神宝君住太清境。故《太上苍元上录经》云：三清者，玉清、上清、太清也。”《九天生神章经》称：“天宝君者则大洞之尊神。注曰：‘天宝君玉清元始天尊也。’中文名三清道尊历史时期六朝
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南朝梁陶弘景撰《真灵位业图》，共分七个神阶，元始天尊列为一神阶的中位，《隋书·经籍志》也载：“道经者云：有元始天尊，生于太元之先，禀自然之气，冲虚凝远，莫知其极。”道书认为：“玉清元始天尊也，本玄一之气，凝结至高曰天，上有主宰谓之帝，道居帝之先，故为元始。”唐末道士杜光庭于广明二年（881）进《三界混元图》于朝，其中叙曰“天极道之宗元，挺生自然，消则为气，息则为形，不无不有，非色非空，不终不始，永存绵绵。居上境为万天之元，居中境为万化之根，居下境为万化之尊，无名可宗，强名曰天尊，盖世人尊之如天，仰之则弥高，攀之则无阶，杳杳冥冥……生万物而不为主宰，御万化而不为言、极，故曰天尊也。”《云笈七签》卷一百一《元始天王纪》云：“元始天王禀天自然之胤，结形未沌之霞，托体虚生之胎，生乎空洞之际。时玄景未分，天光冥远，浩漫太虚，积七千余劫，天朗气清，二晖缰络，玄云紫盖映其首，六气之电翼其真……进登金阙，受号玉清紫虚高上元皇太上大道君……元皇位在玉清，掌括上皇高帝之真。”总之，从两晋到南北朝时，元始天尊已逐步驾临于太上老君之上，成为道教一位至高神。
