产生企业研发费用加计扣除现状问题原因是多方面的。除了研发活动认定难度较大，研发费用加计扣除政策比较复杂以外，还有***人的自律意识比较谈薄、税务师事务所的鉴证作用没有充分发挥等因素，研发费用加计扣除申请，更重要的是有些税务部门掌握政策的尺度偏宽，对企业申报资料的审核，往往采取“形式重于实质”的办法，主要依赖税务师事务所的鉴证报告，监管力度不够，影响政策执行的效果。
研发费用税前扣除适用于财务核算健全并能准确归集研发费用的居民企业。以下三类企业不能享受加计扣除：一是非居民企业。二是核定征收企业。三是财务核算不健全，不能准确归集研究开发费用的企业企业的研究开发活动可享受加计扣除。企业研究开发活动是指企业为获得科学与技术（不包括人文、社会科学）新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、工艺、产品（服务）而持续进行的具有明确目标的研究开发活动。
2006年，《财1政部 国1家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》(财税〔2006〕88号)进一步对享受研发费用加计扣除主体进行扩围，研发费用加计扣除报告，在工业企业基础上，扩大到"财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等"。随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布，合肥研发费用加计扣除，以及为贯彻落实国1务院关于行政审批制度改革工作的各项要求，主管税务***审核批准制度被取消。2004年，研发费用加计扣除补贴怎么补，国1家税务总局印发了《关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》(国税发〔2004〕82号)，明确研发费用加计扣除政策，改由***人自主申报扣除。
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