高新技术企业申请中面临的主要问题是证实企业研发费用的真实性。《高新认定管理办法》对于高新技术企业近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例有严格的要求，该项指标是主管***认定高新技术企业的一项核心指标。在高新申报资料中，高新技术企业认定，近三年的《企业年度研究开发费用结构明细表》和近三年研发费用专项审计报告用来证明企业研发费用的真实性。建议企业对每个研发项目的研发费用作专账管理，如何申请高新技术企业，或者计入辅助账，以反映企业研发费用的支出情况，为企业研发费用归集的准确性和可靠性提供更有力的支持。
高新技术产品(服务)收入占企业当年总收入的60%以上;企业研究开发***管理水平、科技成果转化能力、自主知识产权数量、销售与总资产成长性等指标符合《高新技术企业认定管理工作指引》的要求。高新技术企业资格自颁发证书之日起有效期为三年，企业应在期满前三个月内提出复审申请，不提出复审申请或复审不合格的，阜阳高新技术企业，其高新技术企业资格到期自动失效。
高新技术企业认定标准是什么呢？企业近三个会计年度的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求： 1.收入小于5，000万元(含)的企业，高新技术企业申请，比例不低于5%; 2.收入在5，000万元至2亿元(含)的企业，比例不低于4%; 3.收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。 其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%; (委托外部研究开发费用的实际发生额应按照***交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。)
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