理论上Co、Ni主要以类质同象的形式存在于黄铁矿中，且呈Co3 或Ni4 价态。As、Sb是使黄铁矿产生空穴心的主要晶格杂质，由于其原子半径较大，在黄铁矿晶格中的间隙位置很难存在，只能以类质同象代替硫的形式存在于黄铁矿的晶格中。从Cu、Pb、Zn的原子结构及成键特点来看，Cu2 不能形成d2sp3杂化键，黄铁矿粒，而是形成d2sp3杂化，所以Cu2 进入黄铁矿晶格中Fe2 位置时，结果将产生畸变，水晶黄铁矿，因此Cu2 类质同象代替Fe2 很难发生，而Pb、Zn进入黄铁矿晶格代替Fe2 将更难。黄铁矿中的Cu、Pb、Zn的存在将消耗一定数量的S、As等阴离子，造成黄铁矿晶格中硫的空位或As、Sb等杂质类质同象代替硫的数量减少，从而有利于电子心型黄铁矿的形成。
磁黄铁矿的特别性质
在陨石中，黄铁矿，就有不具有磁性的磁黄铁矿变种被发现喔，它还有个别名叫做「陨硫铁」或「硫铁矿」（troilite）。磁黄铁矿导电性高，且略具磁性。其磁性除与本身成份有关外(通常含铁愈多，磁性愈低)，还与结构中铁的空位分布有关，若空位规则分布，磁性较强，磁黄铁矿，反之，则弱。
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化学组成：磁黄铁矿的化学组成较FeS理论含量含有更多的S，S的含量可达到39-40%，混入物以Ni和Co为***常见，往往是类质同象置换铁。
晶系和空间群：320℃以上稳定的为高温六方晶系变体，空间群为P63/mmc；320℃以下稳定的为，空间群为C2/c。
晶胞参数：高温六方晶系变体为a0=0.343nm，c0=0.569nm；低温单斜晶系变体a0=0.686nm，b0=1.190nm，c0=1.285nm。
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