复合微生物肥料的作用机理根本不同于化学肥料。能够提供一种微生物群落的叫“单一微生物肥料”或“专一微生物菌剂（肥料）”；能够提供两种以上多种微生物群落的叫“复合微生物菌剂（肥料）”。根据微生物的作用划分，可以将微生物菌剂划分为“固氮***（菌剂）”、“腐解***（菌剂）”等。复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明用枯草芽孢、地衣芽孢、嗜热脂肪地芽孢生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益数量增加4倍，固氮菌增加39倍，生物肥料加盟，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。
微生物菌肥含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了***微生物群体的生存空间，生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对***微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。
为什么要“大力”推广有机肥?近日召开发布会表示，发展有机肥是形势需要也是发展的必然。过去为了保供给，复合生物肥料加盟，化肥用量确实过多。这不仅带来成本的增加，也给生态环境带来了一些影响。现在的化肥减量，包括开展有机肥替代化肥，不是不要化肥，农业生物肥料加盟，而是需要把过去不合理的使用量降下来，把过量使用的势头降下来。现在要推行农业绿色发展，有机肥替代化肥就是一项重大措施。
同时，农业生产也出现一个现象，一边是化肥过量使用带来土壤酸化和水体的富营养化，一边是畜禽粪污堆积得不到有效利用造成的污染，通过增施有机肥，就把这一问题解决好了，通过有机肥替代化肥，使农牧结合更紧密，把畜禽粪污利用起来，也使农产品质量提升了，是一举多得的好事儿。
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