引物退火
在PCR循环过程中，PCR扩增仪，控制引物退火步骤的温度是很重要的。如果温度太高，引物退火的效率会降低。太低，它的特异性就会降低，这可能导致非特异性产物的扩增，降低你的PCR的整体效率。
为了确定退火步骤的温度，可以建立重复的PCR反应，pcr仪，每个反应使用不同的退火温度进行测试。
另外，也可以使用带有梯度块的PCR扩增仪。梯度区块允许在整个区块内同时使用一系列的温度，这意味着可以同时评估多个退火温度。一些PCR扩增仪配备了分段式温度块，而不是一体式温度块，这允许同时使用更大范围的温度。
根据DNA扩增的目的和检测的标准，可以将PCR仪分为普通PCR仪，梯度PCR仪，原位PCR仪，实时荧光定量PCR仪四类。1. 普通PCR仪一次PCR扩增只能运行一个特定退火温度的PCR仪称作传统PCR仪，也叫普通PCR仪。如果要做不同的退火温度需要多次运行。主要是用于简单的、对目的***退火温度的扩增。该仪器主要应用于科学研究、教学、***临床、检验检疫等机构。2. 梯度PCR仪一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（温度梯度，通常有12种温度梯度）的PCR仪称作梯度PCR仪。因为被扩增的不同DNA片段，其适退火温度是不同的，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增，就可以筛选出表达量高的适退火温度，进行有效的扩增。用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样节约成本的同时也节约了时间。梯度PCR仪在不设置梯度的情况下也可以做普通PCR扩增。主要应用于科研、教学机构。
当PCR循环阶段完成后，PCR扩增仪通常被设置为将样品“保持”在4℃，直到用户将其从仪器中取出。
将样品块冷却到这个温度，特别是长时间的冷却，会给样品块带来不必要的压力，并有可能使其寿命缩短10倍之多。为了避免这种情况，可以在程序结束后立即取出样品，或者将仪器设定为在室温下保持样品。
这对PCR产物的影响应该是小的，因为DNA在室温下是相对稳定的。此外，实时荧光定量pcr仪，在低温下保持样品块，pcr检测仪，可能会导致冷凝水的积累。这不仅可能导致块状物本身的腐蚀，还可能损坏仪器内部的电气元件。
因此，当仪器不使用时，将PCR扩增仪的盖子打开，让任何积聚的冷凝水蒸发，是一个好的做法。
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