lncRNA测序
长链非编码RNAs（long non-coding RNAs，lncRNAs）一般是指长度大于200 nt的RNA，位于细胞核内或胞浆中，不参与蛋白质编码功能，pcr，以RNA形式在多种层面上（表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等）调控***的表达水平，在生命活动中具有重要作用。
长链非编码RNA测序（long non-coding RNA sequencing，lncRNA-Seq）是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度，对富集到的 RNA进行文库构建，再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息，对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析，从而快速准确地获得与特定生物学过程（例如发育、***等）相关 lncRNA信息。
全转录组测序
全转录组是指特定***或细胞在特定状态下所有转录产物的总和，包括mRNA和各种noncoding RNA。我们知道生物体本身的转录过程是一个动态变化且十分复杂的分子作用网络，如果只是对某个单一RNA分子的研究，有时并不能准确的发现分子作用机制。而竞争性内源RNA(ceRNA)理论阐述了一种全新的转录调控模式：ceRNA（包括lncRNA、circRNA、mRNA、假***等）分子能够通过miRNA应答元件（microRNA Respe Element， MRE）竞争性地结合相同的miRNA来调节彼此的表达水平。举个例子：miRNA会导致***沉默现象发生，而如果lncRNA竞争性结合了miRNA，从而影响了miRNA***沉默功能实现。
ceRNA是目前转录调控领域的热点内容之一，通过全转录组研究能够系统性的阐述ceRNA的分子作用机制。目前对全转录组简便的方法就是构建2个测序文库分别进行测序。标准的生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA各自的研究内容，靶向调控网络、ceRNA网络、共表达网络分析可以将这几种RNA联合起来分析，从而发现新的调控网络模型。去除rRNA的链特异性文库，含有的RNA信息含量十分丰富，通过测序和生物信息学分析能够得到mRNA、lncRNA、circRNA的鉴定及注释信息。不过该文库构建时会进行片段化选择从而滤掉了***all RNA的信息，所以需要另外再构建一个***all RNA文库，进行测序分析后可以得到miRNA和其他***all RNA的鉴定及注释信息。全转录组测序方案路线图如下所示：
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