Micro-CT 的主要应用领域：
骨骼：骨骼是Micro-CT 主要的应用领域之一，其中骨小梁又是主要研究对象，骨松质和青皮质的变化与骨质疏松、***、局部缺血和遗传***等病症有关。目前， Micro-CT技术在很大程度上取代了***性的***形态计学方法。
牙齿及牙周***：能够从3D整体结构出发，对管根形态改变、龋1齿***、牙***密度变化、牙槽骨结梅和力学特性的变化等情况进行研究。
生物材料：例如，分析体外制备仿生材料支架的孔隙率、强度等参数，优化支架设计;扫描需要换的***样晶，MicroCT土壤，获取三维图像后输出为STL文件进行快速成形 (CAD/CAM) ，等等。
Micro-CT的应用对象：
in vivo：研究对象通常为小鼠、大鼠或兔等活1体小动物，将其麻1醉或固定后扫描。可以实现生理代谢功能的纵向研究，显著减少动物试验所需的动物数量。 和***临床CT类似，MicroCT孔隙分析，活1体小动物MicroCT也能够进行呼吸门控和增强扫描(采用造影剂)。
离体( in vitro)：研究对象通常为离体标本(例如骨1髓、牙齿)或各种材质的样晶，分析内部结构和力学特性。也可以使用凝固型造影剂灌注活1体动物，对心1血管系统、 泌尿系统或消化系统进行精细成像。
如何测量棕色脂肪一直是困扰科研人员的一个问题，早期的研究可能需要把实验动物处理，剥离脂肪进行测量，但这种方法并不，MicroCT，且无法对棕色脂肪的变化情况进行；研究发现，棕色脂肪对葡萄糖有高摄取，使得18F-FDG（18F标记的葡萄糖类似物）可反映棕色脂肪的能量代谢情况，孔隙分析MicroCT，因而小动物PET/CT可以有效评价棕色脂肪的活动，提供棕色脂肪在机体中活动的直观数据，是研究小动物棕色脂肪的一种有效方法和重要工具。
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