根据生物肥料的特点，在使用过程中一般要求注意以下几个问题：一是使用生物肥料要求一定的环境条件和栽培措施，以保证微生物生长繁殖所需要的环境条件，使肥料充分发挥作用；二是生物肥料一般不能单独施用，生物菌剂厂家，一定要和化肥、有机肥配合施用，只有这样才能充分发挥生物肥料的增产效能；三是在生产、运输、贮存和使用过程中注意杀菌条件。
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微生物肥料有益土壤改良
土壤微生物群中，如光合成菌，它在淹水缺氧的条件下 可利用硫hua氢、二氧化碳、水及日光或热能，将之转化成单醣类及***根，而***根又能与氨合成为***氨，成为植物的养分。不但产生葡萄糖又使硫hua氢、氨气的毒性从泥水中消失，而且还能把它们转变成有用的养分，一举两得，这就是有益土壤微生物的一大功劳。
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促进作物生长。微生物肥料的使用，促进了刺即植物生长调节剂的产生，调节、促进作物的生长发育。硅酸盐菌剂的使用，可以促进赤***、生长素和其他活性物质的产生；固氮菌剂，分泌***B1、***B2、***B12生长素等，这些刺对于作物的生长发育有一定的调节和促进作用。
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