生物菌肥中的生物菌一般在土壤18℃-25℃时生命活动***活跃，15℃以下时生命活动开始降低，10℃以下时活动能力已很微弱，甚至处于休眠状态。因此，冬春季节大棚蔬菜施入菌肥后，要注意调控好地温。首先控制好棚内的气温，以气温促地温回升。一般棚内气温白天应保持在25℃-30℃为宜，夜间棚内温度低，为避免地温散失，维持地温恒定，除了采取地膜覆盖外，可在操作行内覆盖作物秸秆。
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增加土壤有益微生物。腐殖酸为土壤微生物提供了充足的营养，微生物菌剂厂家，使土壤微生物种群和数量增加。改善土壤理化性质。腐殖酸中的活性有机物和土壤矿物质形成有机胶体，促使土壤团粒结构形成，可改善土壤水、肥、气、热状况。
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育苗：采用盘式或床式育秧时，可将生物菌肥拌入育秧途中堆置三天，再装入育苗盘和育苗钉。营养钵育苗时，先将生物菌肥均匀拌入育苗土中，再装入营养钵育苗时。因育苗多在温室或塑料棚中进行，温湿度条件比较好，易于微生物繁殖生长，用量可比田间基肥的小一些。
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