现阶段， 国内种植户施用生物有机肥的积极性不高，生物有机肥使用率相对较低，主要在蔬菜、水果、***、烟和草等附加值较高的经济作物上应用。但随着人们消费水平和安全意识的提高， 对绿色有机农产品的需求日益增强， 生物有机肥将会成为农业生产的必然选择。
目前，生物有机肥在一些生态示范区、绿色和有机农产品基地应用取得了较好的效果， 这对生物有机肥今后的推广应用起到良好的示范作用。
土壤是一个***很重要的自然资源。沈其荣认为土壤基础地力是实现作物产量潜力的关键因素， 就每千克化肥在不同作物上的平均增产效果而言，1975 年为25 kg 谷粒/kg 化肥、15 kg 油料/kg 化肥、10 kg 棉花/kg 化肥；2008 年为8~9 kg 谷粒/kg化肥、6～7 kg 油料/kg 化肥、5～6 kg 棉花/kg 化肥。化肥报酬的急剧下降表明，随着化肥的长期使用，土壤的基础地力正在逐渐减弱， 而土壤基础地力的减弱已成为影响中国农业可持续发展和农作物高产、稳产的重要限制因素。
生物有机肥质量的优劣主要取决于其中所含益生菌的作用强度和活菌数量， 目前生物有机肥的生产中通常使用活性强且耐高温、高渗、干旱等抗逆性较强的菌，且在生产过程中要考虑各种菌剂之间的相互作用，有机生物菌肥公司，不可随意混合。根据微生物在生产中的作用可分为发酵菌和功能菌。发酵菌多由复合菌系组成，有机生物菌肥厂家，具有促进物料分解、腐熟、除臭的功能，有机生物菌肥，常用菌有酵母菌、光合***、乳酸菌、青霉、木霉、根霉等；功能菌是指能在产品中发挥特定的肥料效应的微生物，以固氮菌、溶磷菌、硅酸盐***等为主，在物料腐熟后加入。
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