农村生产生物有机肥一般利用农业废弃物经微生物发酵，制得含多种微生物的有机肥。农业废弃物主要是畜禽粪便和秸秆。在水资源丰富的地方，养殖场常使用水冲的方法清理畜禽粪便。有自来水的接上自来水冲洗粪便，没有自来水的在池塘边装上水泵冲洗粪便。冲洗岀来的水大量流入河塘污染环境。有的将粪便收集起来存放在土池中任其沤制，臭气冲天，聚集运至有机肥料厂做原料。使用水冲粪做原料一定亏本。
在苹果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果树上的研究结果表明，施用生物有机肥有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，生物菌肥品牌推荐，说明生物有机肥有效保证了营养的持续供应，促进了植株光合作用和碳水化合物的合成。在设施草莓上施用生物有机肥，单株产量增加67.9克，永仁生物菌肥，在“红地球”上施用，提高了葡萄单穗重和产量。果园施用生物有机肥后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、67.7%、12.6%、21.1%；同时单果重增加明显，苹果增加35.9%，生物菌肥公司，葡萄增加28.4%。
在发酵物料的后处理方面，大多数企业加入功能菌进行复配、定形，产品剂型以粉尘为主，但也有采用滚筒造粒或挤压造粒的。颗粒产品克服了粉的剂产品外观差、层次低的缺点，提高了产品的商品性，但同时也提高了企业的生产成本，并对有效菌的存活产生了一定影响。 由于生物有机肥相比普通有机肥生产成本较高，主要应用在蔬菜、水果、***等高附加值的经济作物上，并取得了较好的效果。
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