***微生物
很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达到一定温度，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。
有机肥与作物直接接触
有些用户担心肥效不够，或想尽快见到效，在使用时把有机肥与作物直接接触，这样会导致烧苗严重会死树。
新鲜粪便
直接使用新鲜粪便中含有大量病菌和虫，直接使用会危害果树。
生物有机肥中有大量的有益微生物，能分解土壤中的有机物，增加土壤的团粒结构，改善土壤组成。微生物在土壤中的繁殖速度非常快，他们就像一张看不见的大网，错综复杂。微生物的菌体死后，在土壤中留下了很多微细的管道，这些微细的管道不但增加了土壤的透气性，而且还使土壤变得蓬松柔软，养分水分不易流失，增加了土壤蓄水蓄肥能力，避免和消除了土壤的板结。
脂类及芳香类有机物的转化 单宁、树脂等结构复杂，分解较慢，其***终产物也是CO2和水；木质素是含植物性原料（如树皮、木屑等）堆肥中特别稳定的有机化合物，它结构复杂，含芳香核，并以多聚形式存在于植物***中，极难分解。在通气良好的条件下，主要通过***、放线的菌的作用，缓慢地进行分解，其芳香核可变为醌型化合物，它是再合成腐殖质的原料之一。当然，这些物质在一定条件下，还会继续被分解的。
