化学性质：长期施用有机肥料可以活化土壤养分，提高土壤养分含量，增强土壤供肥能力，调节土壤pH值和土壤电导率。
生物学性质：土壤微生物可以反映土壤中物质代谢的旺盛程度，是土壤肥力的一个重要指标。施用有机肥可以提高土壤酶活性，改善微生物的生存环境。
***物质：施用有机肥料使土壤有机质含量增加和更新，能够极大提高土壤的吸附能力，有利于去除土壤中***物质或减轻其毒性。
氯离子含量
有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量变高，影响农作物的生长。
含盐量
一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐分较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死去等现象。
离子交换量
没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
含氮有机物的分解 堆肥中的含氮有机物包括蛋白质、氨基酸、生物减、腐殖质等。除腐殖质外，大部分容易被分解。例如蛋白质，在微生物分泌的蛋白酶作用下，逐级降解，产生各种氨基酸，再经氨化作用、硝化作用而分别形成铵盐、消酸盐，可以被植物吸收利用。含磷有机物的转化 堆肥中的含磷有机化合物，在多种腐生性微生物的作用下，形成磷酸，成为植物能够吸收利用的养分。
