研究结果表明，施用生物有机肥后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物数量，土壤透气性得到改善，有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放。在盆栽葡萄上的研究结果表明，施用生物有机肥后，盆栽葡萄土壤中放设菌和***等有益菌的数量明显增加，其中放设菌含量达到7.6×108。
微生物菌是生物有机肥料产品的核心，在生产过程中，一般有两个环节涉及到微生物的使用：
一是在腐熟过程中加入促进物料分解、腐熟兼具除臭功能的腐熟菌剂，其多由复合菌系组成，常见菌有光合菌、乳酸菌、酵母菌、放线、青霉、木霉等；
二是在物料腐熟后加入的功能菌，一般以同氮菌、溶磷菌、硅酸盐***、乳酸菌、假单胞菌、放线等为主，在产品中发挥特定的肥料效应。因此，对生物有机肥生产来说，微生物菌的筛选、使用是一项核心技术，只有掌握了这一项关键技术，才能加快物料的分解、腐熟，以及保证产品的应用效果。
与单施化肥相比， 生物有机肥的施用可显著增加大白菜和西瓜的直径、单株（果）质量；还可改善番茄、辣椒的品质，使番茄和辣椒中***C 及还原糖的含量增加。通过研究不同施肥方式对生菜品质的影响， 发现施用阿姆斯生物有机肥可使生菜***C 含量增加，总酸降低，糖酸比显著增加，同时可显著降低易诱发***的消酸盐含量，在改善生菜口感、提高产品安全性方面具有重要作用。
