不过为了不让水分有大量流失，还是需要用塑料薄膜将鸡粪全部盖住，然后就等待鸡粪自然加热提高温度。
当鸡粪的温度逐步提高到大约60-70℃时，将鸡粪撒匀，冷却后堆放。之后按照此程序和方法，反复重复两至三次，这个发酵过程大约需要20天。
如果直接使用未经发酵的鸡粪，在田间进行二次发酵，鸡粪会产生出大量的热量，造成大量农作物不可挽回的毁灭，造成不必要的损失，并耽误农业生产。
鸡粪有机肥特点：
1、鸡粪有机肥设备不含任何化学成份，由于鸡消化能力差，只能消耗掉25%的营养成份，而饲料中另外75%营养成分随粪便排出，从而使干成品含氮、磷、钾、有机质、氨基酸、蛋白质等成份。
2、鸡粪中的主要物质是有机质，鸡粪增加了土壤中的有机质含量。有机质可以改良土壤物理、化学和生物特性，熟化土壤，培肥地力。我国农村的”地靠粪养、苗靠粪长”的谚语，在很大程度上反映了鸡粪对于改良土壤的作用。
发酵后的鸡粪，是葡萄和西瓜、果树和蔬菜的很好的肥料。选择在通风好的地方、地势高的地方，将清理出的新鲜鸡粪堆积成一堆，外面用泥浆封闭。一般的夏季需10天左右，冬季2个月左右。将新鲜的纯鸡粪与切碎的饲草和水果、废弃的蔬菜废物，其中与非豆科类饲草的效果是很好的。新鲜的纯鸡粪可以直接喂猪、喂鱼，在饲喂时根据不同的鸡粪含不同的有效成分来添加。喂猪时，每日的饲料粮中按15%的比例，将鸡粪直接加入。
