螺杆压缩机相对于活塞压缩机是出现故障的概率要低的多，但是如果使用维护不当，螺杆压缩机的优点就很难得到发挥。许多活塞压缩机的用户开始改用螺杆空压机，由于对螺杆压缩机的使用维护不了解，导致频繁发生故障，从而引起用户和企业之间发生矛盾。所以在使用螺杆压缩机之前要对他的使用和维护说明认真阅读。对机器的安装场所、空压站的通风量、供电电缆和空气开关的规格、供水压力和流量、排气管路尺寸都有指导性建议。使用说明书还会对机器的原理与结构有详细描述，有一定机电基础知识的人员通过仔细阅读，完全可以对常见问题做出正确判断和处理。还有就是螺杆压缩机的耗材部分要定期更换主要有润滑油、油过滤器、进气过滤器、油分滤芯等等值得注意的是在环境不同的地方更换的频率也是有所区别的，所以要对螺杆压缩机做好每天的使用和检查记录。
任何螺杆式空压机均使用了一种环形轴封，到一定寿命均需更换。对于齿轮传动式空压机，必须先分离马达、连轴器，才能接近轴封，使得这一工作耗时费力，从而增加维护费用。对于皮带传动式空压机，只需先卸下皮带轮即可，容易得多。
对于齿轮传动空压机，当马达或转子轴承损坏时，往往会殃及相连重要部件造成直接和间接双重损坏。对于皮带传动空压机不存在这种情况。
对于齿轮传动空压机，由于马达与转子刚性连接，压缩室转子的振动会传递到齿轮箱和马达轴承，这不仅增加了马达轴承的磨损，同时增加机器噪音。
螺杆空压机运行时可以采用轮换工作制，并对系统进行优化，采用先起先停的控制方式，在螺杆空压机供气量变化时对运行的螺杆空压机进行选择，利用系统优化进行节能。
传感器安装在供气主管道上，有的供气系统在螺杆空压机的出气口采用了止回阀，安装传感器的位置应该在止回阀后，即远离出气口一端。否则造成螺杆空压机卸载时压力骤降，频繁加载和卸载时变频器出现频率震荡。
